Meu link da Meloja continua abrindo ao colocar o domínio próprio?

Sim. Seu link inicial pelo subdomínio da Meloja (ex.: https://minhaloja.meloja.com.br) que é criado junto de sua conta também continua funcionando normalmente após apontar seu domínio próprio.

Ou seja, sua página poderá ser aberta normalmente pelo subdomínio da Meloja e pelo seu domínio próprio.